Originaire de Tchécoslovaquie, ses photos reflètent les déchirements, les révoltes et les tourmentes de son pays : des images où les individus semblent en décalage dans un monde inquiétant qu'ils subissent plus qu'ils ne maîtrisent.

Un ami de son père, un boulanger, l'initie à la photographie et Josek Koudelka commence à photographier sa famille et ses amis. Il poursuit des études à l'université de Pargue lorsqu'il rencontre Jiri Jenicek, photographe et critique, qui l'encourage à exposer ses images.

Il persévère, fait la connaissance d'Anna Farova, critique d'art, qui devient son ami et collaboratrice.

Ses premières images témoignent d'une vie de bohème, menée en parallèle à sa vie d'ingénieur aéronautique. Il suit la vie des gitans, photographiant beaucoup, participe à des représentations théâtrales. Il est temps pour lui, en 1967, d'abandonner l'aéronautique et de se consacrer à la photographie…

Il photographie les affrontements d'août 1968 dans les rues, et c'est tout d'abord anonymement que ses images sont publiées aux États-Unis. Il reçoit le prix Robert Capa pour ces images, icônes marquantes de l'histoire politique de la Tchécoslovaquie. En 1970, il devient apatride et s'installe en Angleterre jusqu'en 1979, continuant son travail photographique sur les gitans, toujours en quête d'instants de liberté. Il devient membre de l'agence Magnum en 1971 et se lie d'amitié avec Cartier-Bresson et Robert Delpire.

C'est en 1984 que lui est consacré sa première exposition d'importance, à la Hayward Gallery de Londres. Après seize ans d'anonymat, ses photos praguoises de l'intervention des troupes du Pacte de Varsovie sont publiées pour la première fois sous son nom.

Après 20 ans d'exil, il retourne dans son pays natal en 1990.